商业保函与担保公司保函在法律上主要存在以下区别：

一、定义与性质

商业保函：通常指由银行、保险公司或担保公司等金融机构，应申请人请求，向第三方（受益人）开立的书面信用担保凭证。其核心在于，当申请人未能履行合同责任时，担保人将代其承担一定金额、一定期限内的支付或赔偿责任。商业保函具有独立性，其效力不依赖于基础交易合同，而是基于担保人的信用。

担保公司保函：特指由担保公司出具的保函。担保公司作为专业担保机构，其业务范围广泛，包括但不限于提供各类担保服务。担保公司保函在性质上与商业保函相似，但更侧重于担保公司的专业性和特定业务场景下的应用。

二、主体与适用范围

商业保函：涉及三方主体，即申请人、受益人和担保人（如银行、保险公司或担保公司）。其适用范围广泛，涵盖国际国内贸易、工程承包、招投标等多个领域，旨在保障交易或项目的顺利进行。

担保公司保函：同样涉及三方主体，但担保人特指担保公司。其适用范围可能更侧重于担保公司专业领域内的业务，如中小企业融资担保、工程履约担保等。

三、责任承担与法律效力

商业保函：担保人承担性付款责任，只要受益人提出的索赔符合保函条件，担保人必须无条件支付。商业保函的法律效力主要依据金融法规、国际惯例及合同约定。

担保公司保函：担保公司同样承担担保责任，但具体责任承担方式可能因担保类型（如一般保证、连带责任保证）而异。担保公司保函的法律效力基于《民法典》等民事法律法规，以及担保公司与申请人、受益人之间的合同约定。